Art. 21 ust. 1 pkt 3 ustawy z dnia 26 lipca 1991 r. o podatku dochodowym od osób fizycznych zwalnia z podatku dochodowego otrzymane odszkodowania lub zadośćuczynienia, jeżeli ich wysokość lub zasady ustalania wynikają wprost z przepisów odrębnych ustaw lub przepisów wykonawczych wydanych na podstawie tych ustaw, oraz otrzymane odszkodowania lub zadośćuczynienia, jeżeli ich wysokość lub zasady ustalania wynikają wprost z postanowień układów zbiorowych pracy, innych opartych na ustawie porozumień zbiorowych, regulaminów lub statutów, o których mowa w art. 9 § 1 ustawy z dnia 26 czerwca 1974 r. - Kodeks pracy. Przedmiotowe zwolnienie nie ma zastosowania do:

1. określonych w prawie pracy odpraw i odszkodowań z tytułu skrócenia okresu wypowiedzenia umowy o pracę,
2. odpraw pieniężnych wypłacanych na podstawie przepisów o szczególnych zasadach rozwiązywania z pracownikami stosunków pracy z przyczyn niedotyczących pracowników,
3. odpraw i odszkodowań z tytułu skrócenia okresu wypowiedzenia funkcjonariuszom pozostającym w stosunku służbowym,
4. odszkodowań przyznanych na podstawie przepisów o zakazie konkurencji,
5. odszkodowań za szkody dotyczące składników majątku związanych z prowadzoną działalnością gospodarczą,
6. odszkodowań za szkody dotyczące składników majątku związanych z prowadzeniem działów specjalnych produkcji rolnej, z których dochody są opodatkowane według skali, o której mowa w art. 27 ust. 1, lub na zasadach, o których mowa w art. 30c,
7. odszkodowań wynikających z zawartych umów lub ugód innych niż ugody sądowe.

Ze zwolnienia korzystają wyłącznie odszkodowania, których wysokość lub zasady ustalania wynikają wprost z przepisów odrębnych ustaw lub przepisów wykonawczych. Nie ulega zatem wątpliwości, iż zwolnione z podatku są odszkodowania otrzymane na podstawie przepisów ustawy z dnia 30 października 2002 r. o ubezpieczeniu społecznym z tytułu wypadków przy pracy i chorób zawodowych oraz obwieszczenia Ministra Pracy i Polityki Społecznej z dnia 23 lutego 2011 r. w sprawie wysokości kwot jednorazowych odszkodowań z tytułu wypadku przy pracy lub choroby zawodowej.

Wątpliwości budzi natomiast kwestia zastosowania przedmiotowego zwolnienia do odszkodowań z tytułu wypadku przy pracy wypłaconych na podstawie art. 444 i następnych kodeksu cywilnego. Organy podatkowe i sądy administracyjne nie zajmują bowiem jednolitego stanowiska w tej kwestii. W ocenie organów podatkowych odszkodowania wypłacane tytułem wypadku przy pracy na podstawie przepisów prawa cywilnego nie są zwolnione z podatku. Przykładowo w interpretacji indywidualnej z dnia 3 lipca 2014 r., nr ILPB2/415-442/14-2/AJ, Dyrektor Izby Skarbowej w Poznaniu uznał, iż: „wypłata lub finansowanie na rzecz pracowników i byłych pracowników świadczeń z tytułu wypadku przy pracy - nie podlega zwolnieniu od podatku na podstawie art. 21 ust. 1 pkt 3 ustawy o podatku dochodowym od osób fizycznych. Dla objęcia ww. zwolnieniem otrzymanego odszkodowania niezbędne jest, aby z przepisów prawa (ustaw lub przepisów wykonawczych wydanych na podstawie tych ustaw) wynikały wprost wysokość lub zasady ustalania otrzymanego odszkodowania. Fakt, że omawiany przepis art. 444 § 1 Kodeksu cywilnego określa zakres i sposób naprawienia szkody nie budzi żadnych wątpliwości. Przepis ten nie zawiera jednak dodatkowego elementu, który jest istotny z uwagi na zastosowanie zwolnienia podatkowego, tj. nie normuje wysokości odszkodowania lub zasad jego ustalenia.”.

Odmienny pogląd prezentują sądy. W ich ocenie odszkodowanie wypłacone pracownikowi przez pracodawcę na podstawie przepisów Kodeksu cywilnego stanowi przychód zwolniony z podatku dochodowego od osób fizycznych.