Z uwagi na to, że urząd wydaje takie zaświadczenia wyłącznie na wniosek podatnika, to wniosek taki musi być wypełniony prawidłowo i kompletnie. Przede wszystkim należy wskazać informacje, których potwierdzenia podatnik oczekuje w zaświadczeniu. Wniosek może bowiem dotyczyć braku zaległości w zapłacie podatków, ale także stanu istniejącej zaległości. Trzeba pamiętać, że urząd może wydać postanowienie o odmowie wydania zaświadczenia na przykład w sytuacji, gdy zostanie złożony wniosek o niezaleganiu w podatkach, a w trakcie weryfikacji ujawnione zostaną zaległości.

Wniosek złożony za pośrednictwem platformy biznes.gov.pl wpłynie na skrzynkę podawczą właściwego urzędu skarbowego w systemie ePUAP. Zaświadczenie zostanie wydane w terminie 7 dni jako dokument elektroniczny opatrzony bezpiecznym podpisem weryfikowanym za pomocną ważnego kwalifikowanego certyfikatu.