Zazwyczaj jesienią następuje wzrost ilości absencji chorobowych pracowników. Ponieważ częste nieobecności stanowią problem dla wielu pracodawców, coraz powszechniejsze staje się nieodpłatne zapewnianie pracownikom szczepień ochronnych.

Od chwili gdy wydatek na szczepienia ochronne (np. przeciwko grypie) można zaliczyć do kosztów uzyskania przychodów, pracodawcy zakupują takie szczepionki dla zatrudnianych przez siebie osób. Pamiętać jednak należy, że o ile zakup szczepionek jest korzystny dla pracodawcy, o tyle w przypadku pracownika wartość szczepionki stanowi przychód ze stosunku pracy podlegający opodatkowaniu podatkiem dochodowym.

W myśl bowiem art. 12 ust. 1 ustawy o podatku dochodowym od osób fizycznych przychodem ze stosunku pracy są wszelkiego rodzaju wypłaty i świadczenia, których skutkiem jest powstanie przysporzenia majątkowego. W myśl art. 21 ust. 1 pkt 11 ustawy o podatku dochodowym od osób fizycznych wolna od podatku jest wartość świadczeń, które pracodawca jest zobowiązany ponieść na rzecz pracownika na podstawie odrębnych przepisów – w tym przypadku przepisów Kodeksu pracy.

W świetle stanowiska prezentowanego przez Ministerstwo Finansów zapewnienie pracownikom szczepienia przeciw grypie nie stanowi obowiązku pracodawcy wynikającego z przepisów prawa pracy, a co za tym idzie nie może korzystać ze zwolnienia, o którym mowa w art. 21 ust. 1 pkt 11 ustawy o podatku dochodowym od osób fizycznych. Wartość przychodu ustala się w takiej sytuacji w oparciu o cenę zapłaconą przez pracodawcę a nie według ceny rynkowej.

Natomiast w przypadku częściowej odpłatności za szczepionkę płatnik powinien uznać za przychód pracownika jedynie wartość sfinansowaną przez pracodawcę.