Jeżeli w okresie przejściowym, tj. do 2018 roku, lekarz wybierze formę elektroniczną wystawiania zwolnień lekarskich, nie wyklucza to możliwości otrzymania przez pracownika również papierowej wersji zwolnienia w ściśle określonych przypadkach. Ustawa z dnia 15 maja 2015 r. o zmianie ustawy o świadczeniach pieniężnych z ubezpieczenia społecznego w razie choroby i macierzyństwa (Dz.U. z 2015 r., poz. 1066) przewiduje możliwość wystawienia zaświadczenia lekarskiego na formularzu wydrukowanym z systemu, gdy wystawienie zwolnienia w formie elektronicznej będzie niemożliwe z uwagi na przykład na brak połączenia z internetem czy brak możliwości uwierzytelnienia zaświadczenia lekarskiego z wykorzystaniem kwalifikowanego certyfikatu lub zaufanego profilu ePUAP. Zaświadczenie w wersji papierowej pracownik będzie musiał doręczyć pracodawcy (płatnikowi składek). Lekarz natomiast powinien wówczas wprowadzić wystawione w wersji papierowej zaświadczenie do systemu w ciągu 3 dni roboczych od jego wystawienia lub od dnia ustania przyczyn uniemożliwiających przekazanie go w terminie 3 dni od dnia wystawienia.

Lekarz przekaże pracownikowi wydruk wystawionego zaświadczenia lekarskiego z systemu teleinformatycznego również na żądanie pracownika oraz w przypadku gdy z informacji udostępnionych na profilu informacyjnym będzie wynikać, że płatnik składek nie posiada profilu informacyjnego płatnika składek. Podkreślić należy, że taka możliwość będzie jedynie w przypadku płatników składek do 5 osób. Pozostali pracodawcy mieli bowiem obowiązek założenia profilu na PUE ZUS do końca grudnia 2015 r.