Obowiązek ten nie dotyczy jednak tych osób, za które rocznego obliczenia podatku dokonał pracodawca i wypełnił w tym celu PIT -40. W myśl obowiązujących przepisów obowiązek rozliczenia ewentualnych dopłat lub nadpłat ciąży bowiem na dokonującym rozliczenia, czyli na pracodawcy.

W przypadku niedopłaty, co do zasady, różnicę między podatkiem wynikającym z rocznego obliczenia a sumą zaliczek pobranych w trakcie roku płatnik jest obowiązany potrącić pracownikowi z dochodu należnego za marzec.
Od powyższej zasady ustawodawca przewidział następujące wyjątki:

• jeżeli podatnik wystąpi z takim wnioskiem, rozliczenie może zostać dokonane z wynagrodzenia  za kwiecień,
• jeżeli stosunek uzasadniający pobór zaliczek ustał w styczniu lub w lutym, to płatnik ma obowiązek dokonania rozliczenia z dochodu za miesiąc, za który została pobrana ostatnia zaliczka.

W przypadku gdy suma zaliczek pobranych w trakcie roku była większa od podatku należnego obliczonego za ten rok, wówczas płatnik ma obowiązek zaliczenia tej nadpłaty na poczet zaliczki należnej za marzec. W przypadku wystąpienia nadpłaty w kwocie przewyższającej zaliczkę za marzec, pracodawca ma obowiązek dokonania jej zwrotu na rzecz pracownika w gotówce.