Protokół z kontroli stanowi udokumentowanie dokonanych przez inspektora pracy ustaleń stanu faktycznego w zakresie przestrzegania prawa pracy, w szczególności przepisów i zasad bezpieczeństwa i higieny pracy, a także przepisów dotyczących legalności zatrudnienia.

Przed podpisaniem protokołu podmiotowi kontrolowanemu, o czym się często zapomina, przysługuje prawo zgłoszenia umotywowanych zastrzeżeń do ustaleń zawartych w protokole. Inspektor pracy powinien pouczyć podmiot objęty kontrolą o tym uprawnieniu. W przypadku gdy kontrolowany skorzysta z przysługujących mu uprawnień i zdecyduje się wnieść zastrzeżenia to powinien to uczynić na piśmie, w terminie 7 dni od dnia przedstawienia protokołu.

Składając zastrzeżenia trzeba pamiętać o ich odpowiednim uzasadnieniu. Nie wystarczy bowiem wskazać, że nie zgadzamy się z konkretnym stwierdzeniem, bez podania przyczyny. Takie zastrzeżenie z pewnością nie zostanie uwzględnione przez inspektora pracy.

Jeżeli zastrzeżenia zostaną złożone to inspektor przeprowadzający kontrolę ma obowiązek przede wszystkim je zbadać, a w przypadku stwierdzenia ich zasadności powinien zmienić lub uzupełnić odpowiedni fragment protokołu.

Po omówieniu treści protokołu i ewentualnym zgłoszeniu zastrzeżeń protokół jest podpisywany. Protokół podpisuje inspektor pracy prowadzący kontrolę oraz osoba lub organ reprezentujący podmiot kontrolowany. Odmowa podpisania protokołu nie uchroni podmiotu, u którego są przeprowadzane czynności kontrolne, od konsekwencji w postaci zastosowania przez inspektora pracy środków prawnych przewidzianych ustawą o Państwowej Inspekcji Pracy, tj.:

• wydania środków z kontroli (wystąpienie, nakaz) mających na celu uregulowanie stwierdzonego w czasie kontroli stanu niezgodnego z przepisami prawa pracy,
• ewentualnej odpowiedzialności wykroczeniowej w przypadku stwierdzenia w toku kontroli nieprawidłowości w zakresie przestrzegania przepisów prawa pracy mających charakter wykroczenia przeciwko prawom pracownika lub osób wykonujących pracę zarobkową.

Po podpisaniu protokołu jeden jego egzemplarz inspektor pracy pozostawia podmiotowi kontrolowanemu wraz z ewentualnymi załącznikami stanowiącymi integralną część protokołu.

Należy również pamiętać, że zarówno inspektor pracy jak i osoba działająca w imieniu podmiotu kontrolowanego nie mogą dokonywać samodzielnie, tylko w swoim egzemplarzu protokołu, jego poprawek, skreśleń ani uzupełnień. Poprawek, skreśleń i uzupełnień może dokonać tylko inspektor pracy i tylko po uprzednim wyszczególnieniu ich w końcowej części protokołu.