Wynagrodzenie chorobowe stanowi przychód ze stosunku pracy w rozumieniu art. 12 ust. 1 ustawy z dnia 26 lipca 1991 r. o podatku dochodowym od osób fizycznych W myśl tego przepisu za przychód ze stosunku pracy uważa się wszelkiego rodzaju wypłaty pieniężne oraz wartość pieniężną świadczeń w naturze bądź ich ekwiwalenty, bez względu na źródło finansowania tych wypłat i świadczeń, a w szczególności: wynagrodzenia zasadnicze, wynagrodzenia za godziny nadliczbowe, różnego rodzaju dodatki, nagrody, ekwiwalenty za niewykorzystany urlop i wszelkie inne kwoty niezależnie od tego, czy ich wysokość została z góry ustalona, a ponadto świadczenia pieniężne ponoszone za pracownika, jak również wartość innych nieodpłatnych świadczeń lub świadczeń częściowo odpłatnych.

Natomiast zasiłku chorobowego nie zalicza się do przychodów ze stosunku pracy. Stanowi on przychód z innych źródeł. Art. 20 ust. 1 ustawy o podatku dochodowym od osób fizycznych za przychody z innych źródeł nakazuje traktować bowiem m.in. zasiłki pieniężne z ubezpieczenia społecznego. Przepis ten uzupełnia art. 20 ust. 2 tej samej ustawy, w myśl którego zasiłki pieniężne z ubezpieczenia społecznego stanowią kwoty wypłacanych przez zakład pracy lub organ rentowy zasiłków chorobowych, wyrównawczych, macierzyńskich, opiekuńczych oraz świadczeń rehabilitacyjnych.

Zarówno od wynagrodzenia chorobowego, jak i od zasiłku chorobowego płatnik składek obowiązany jest obliczać i pobrać zaliczki na podatek dochodowy (art. 31 ustawy o podatku dochodowym od osób fizycznych). W przypadku wynagrodzenia chorobowego płatnikiem składek jest zawsze pracodawca. Natomiast jedynie w przypadku gdy zasiłek chorobowy wypłacany jest za pośrednictwem zakładu pracy, płatnikiem składek jest pracodawca. Ciąży zatem na nim powinność obliczenia i pobrania od zasiłku zaliczki na podatek dochodowy.

Ustalając miesięczną zaliczkę na podatek dochodowy od wynagrodzenia za czas choroby oraz od zasiłku chorobowego należy w pierwszej kolejności obliczyć dochód. Dochód tworzą uzyskany przez pracownika przychód pomniejszony o koszty uzyskania przychodów oraz potrącone przez płatnika w danym miesiącu składki na ubezpieczenia społeczne. W celu ustalenia kwoty zaliczki należy dochód pomnożyć przez stosowną stawkę podatkową.

Ustalona w powyższy sposób zaliczka ulega pomniejszeniu o 1/12 kwoty zmniejszającej podatek, określonej w pierwszym przedziale obowiązującej skali podatkowej, gdy pracownik złożył płatnikowi oświadczenie PIT-2, oraz o kwotę składki na ubezpieczenie zdrowotne.