W przypadku stwierdzenia błędów w dokumentacji księgowej oraz w rozliczeniach podatkowych odpowiedzialność z tego tytułu przed organami podatkowymi zawsze ponosi pracodawca, a nie prowadzący księgowość pracownik. Stosownie bowiem do dyspozycji art. 26 ustawy z dnia 29 sierpnia 1997 r. Ordynacja podatkowa, podatnik odpowiada całym swoim majątkiem za wynikające ze zobowiązań podatkowych podatki.

Art. 22 § 1 ustawy z dnia 10 września 1999 r. Kodeks karny skarbowy (zw. dalej k.k.s.) przewiduje możliwość ukarania podatnika, który dopuścił się przestępstwa skarbowego, karą grzywny w stawkach dziennych, karą ograniczenia wolności, karą pozbawienia wolności. W myśl art. 47 § 1 k.k.s. karą za wykroczenie skarbowe jest kara grzywny określona kwotowo. Ponadto na pracodawcę może zostać nałożony obowiązek m.in. zapłaty dodatkowych podatków, opłat i odsetek za opóźnienie.

Jeżeli wskutek błędów w dokumentacji księgowej i rozliczeniach podatkowych pracodawca poniósł szkodę, może on pociągnąć do odpowiedzialności pracownika będącego księgowym, którego działania doprowadziły do jej wyrządzenia, na zasadach określonych w Dziale V, Rozdział II Kodeksu pracy – Odpowiedzialność pracownika za szkodę wyrządzoną pracodawcy.

Z art. 114 kodeksu pracy wynika, iż odpowiedzialność za szkodę na zasadach określonych w kodeksie pracy ponosi pracownik, który wskutek niewykonania lub nienależytego wykonania obowiązków pracowniczych ze swej winy wyrządził pracodawcy szkodę. Oznacza to, iż pociągnięcie pracownika będącego księgowym do odpowiedzialności na zasadach określonych w kodeksie pracy będzie miało miejsce, jeżeli są spełnione następujące przesłanki:

1. w majątku pracodawcy powstała szkoda,
2. pracownik dopuścił się niewykonania lub nienależytego wykonania obowiązków pracowniczych,
3. pracownikowi można przypisać winę,
4. zachodzi związek przyczynowy między zawinionym niewykonaniem lub nienależytym wykonaniem obowiązków przez pracownika a szkodą, jaką ponosi pracodawca.

Ustalając zakres odpowiedzialności pracownika pracodawca winien kierować się wynikającą z art. 115 kodeksu pracy zasadą adekwatności. W myśl tej zasady pracownik ponosi odpowiedzialność za szkodę w granicach rzeczywistej straty poniesionej przez pracodawcę i tylko za normalne następstwa działania lub zaniechania, z którego wynikła szkoda. Równocześnie zakres odpowiedzialności pracownika uzależniony został od rodzaju winy, którą można mu przypisać. Pracownik, który wyrządził pracodawcy szkodę w sposób nieumyślny, ponosi odpowiedzialność w wysokości wyrządzonej szkody, ale nie więcej niż do kwoty trzymiesięcznego wynagrodzenia przysługującego pracownikowi w dniu wyrządzenia szkody (art. 119 kodeksu pracy). Natomiast pracownik, który wyrządził szkodę umyślnie, obowiązany jest do jej naprawienia w pełnej wysokości (art. 122 kodeksu pracy).

Pojęcie winy w prawie pracy, zarówno nieumyślnej, jak i umyślnej, zbliżone jest do rozumienia tego pojęcia w prawie karnym. Wina nieumyślna może przybrać formę niedbalstwa lub lekkomyślności. Niedbalstwo ma miejsce, w sytuacji gdy pracownik przewiduje, iż jego bezprawne zachowanie wyrządzi szkodę, lecz bezpodstawnie przypuszcza, że szkoda nie nastąpi. Natomiast lekkomyślność zachodzi, jeżeli pracownik nie przewiduje możliwości powstania szkody, choć w okolicznościach sprawy mógł i powinien przewidzieć jej powstanie. Również wina umyślna ma dwie postaci: zły zamiar bezpośredni i zły zamiar ewentualny. Wina umyślna w postaci złego zamiaru bezpośredniego istnieje wówczas, gdy sprawca chce wyrządzić szkodę w mieniu pracodawcy i celowo do tego zmierza. Zły zamiar ewentualny występuje, gdy mając świadomość szkodliwych skutków swego działania i przewidując ich nastąpienie, pracownik godzi się na nie, choć nie zmierza bezpośrednio do wyrządzenia szkody (por. uzasadnienie wyroku Sądu Najwyższego z dnia 24 października 1997 r., sygn. akt I PKN 264/97).

W określonych powyżej granicach księgowy będący pracownikiem ponosi odpowiedzialność za wyrządzoną pracodawcy szkodę. Może ona obejmować m.in. nałożone na pracodawcę kary finansowe czy wartość dodatkowych podatków i danin publicznoprawnych. Odpowiedzialność ta może uwzględniać również koszty związane z wykryciem i usunięciem popełnionych przez pracownika błędów.