Zastosowanie split payment jest dobrowolne. Jedynie w niektórych branżach stało się już obligatoryjne. Skoro zatem nie ma obowiązku jego stosowania w pozostałych przypadkach, to fakt uprzywilejowania tylko jednej strony stosunku prawnego budził poważne wątpliwości. Szczególnie z tego powodu, że naczelną regułą prawa zobowiązań jest zasada swobody umów.

W objaśnieniach podatkowych z 29 czerwca 2018 roku dotyczących stosowania mechanizmu podzielonej płatności Ministerstwo Finansów wskazało, że przyznanie inicjatywy co do wyboru stosowania mechanizmu podzielonej płatności płacącemu nie oznacza jednak, że sprzedawca nie będzie mógł zastrzec w umowie, że nie chce stosować takiej formy rozliczeń. Kontrahenci mają w tym zakresie swobodę, wynikającą z zasady swobody umów i sami decydują, w jaki sposób dokonują rozliczeń przeprowadzanych transakcji. Bez wyraźnego zastrzeżenia w umowie, że płatność może nastąpić w części na rachunek VAT, zastosowanie tego mechanizmu jest niedopuszczalne: o tym jaki sposób zapłaty jest wykonaniem zobowiązania pieniężnego, rozstrzyga treść czynności prawnej.

Zdaniem specjalistów taki pogląd jest oczywisty, gdyż żaden przepis prawa podatkowego o charakterze uprawniającym nie może zmienić zawartych umów ani wbrew woli stron wpływać na ich treść. Nie zalicza się bowiem do tzw. ius cogens, czyli norm bezwzględnie obowiązujących.