Warto pamiętać, iż płatnik sporządzający PIT-40 powinien w nim uwzględnić takie koszty uzyskania, jakie pracownikowi faktycznie przysługują, a nie takie, jakie były uwzględniane przy poborze zaliczki na podatek dochodowy. Pracodawca ma również możliwość uwzględnienia w PIT-40 wydatków faktycznie poniesionych przez pracownika na dojazdy do zakładu pracy, gdy ten odbywał się środkami komunikacji publicznej, a podatnik do PIT 12 przedłoży imienne bilety okresowe.

Ponadto płatnik ma obowiązek odliczenia od dochodu pracownika pobranych w trakcie roku składek na ubezpieczenia społeczne. Pamiętać jednak należy, iż odliczeniu podlegają jedynie te składki, które były odprowadzone od dochodu podlegającego opodatkowaniu.

Dochód pracownika może również zostać pomniejszony o kwoty dokonanych zwrotów nienależnie pobranych świadczeń, które uprzednio zwiększały dochód podlegający opodatkowaniu.

Od obliczonego podatku płatnik powinien odjąć składki na ubezpieczenie zdrowotne pobrane ze środków podatnika, jednak wysokość odliczenia nie może przekroczyć 7,75% podstawy ubezpieczenia.

Pamiętać należy, iż termin dokonania rocznego obliczenia podatku przez płatnika mija z końcem lutego roku następującego po roku podatkowym.