Ten zapis wywołuje wątpliwość, czy pracodawca, który zatrudnia jednego pracownika na podstawie dwóch równoległych umów o pracę, ma obowiązek stosować koszty uzyskania przychodu tylko raz, czy też powinien koszty zastosować odrębnie dla każdego ze stosunków pracy. Z wyjaśnień Ministerstwa Finansów wynika, że w przypadku zawarcia kilku umów o pracę, każdą z umów należy traktować jako odrębny stosunek zobowiązaniowy, z wszelkimi tego konsekwencjami.

Powyższe oznacza, że pracownikowi z każdego stosunku pracy, niezależnie od tego czy zawarty jest z jednym czy też z wieloma pracodawcami, przysługują odrębne koszty uzyskania przychodów. Warto również podkreślić, że w przypadku gdy pracownika łączą z jednym pracodawcą dwie umowy o pracę, przy obliczaniu zaliczki na podatek dochodowy płatnik nie jest obowiązany do przestrzegania określonych przez ustawodawcę limitów. Zgodnie bowiem z wolą ustawodawcy obowiązek ograniczenia kosztów uzyskania przychodów do obowiązujących limitów ciąży na pracowniku.