System równoważnego czasu pracy może być stosowany w przypadku, gdy jest to uzasadnione rodzajem pracy lub jej organizacją. W tym systemie jest dopuszczalne przedłużenie dobowego wymiaru czasu pracy, nie więcej jednak niż do 12 godzin.

W pewnych szczególnych odmianach równoważnego systemu czasu pracy dobowy wymiar czasu pracy będzie mógł zostać przedłużony do godzin nawet 16 (prace polegające na dozorze urządzeń lub związane z częściowym pozostawaniem w pogotowiu do pracy) lub 24 (w odniesieniu do pracowników zatrudnionych przy pilnowaniu lub ochronie mienia).

Przedłużony dobowy wymiar czasu pracy (czyli praca zgodnie rozkładem trwająca dłużej niż 8 godzin) jest równoważony krótszym dobowym wymiarem czasu pracy w innych dniach lub większą liczbą dodatkowych dni wolnych od pracy w okresie rozliczeniowym. Równoważny system czasu pracy polega zatem na odejściu od dobowego wymiaru czasu pracy równego normie i ustalanego na poziomie 8 godzin na rzecz wydłużania czasu pracy rozkładem w niektórych dniach przy odpowiednim skracaniu w innych dniach.

W systemie równoważnym, tak jak w każdym innym, mogą wystąpić odstępstwa od rozkładu czasu pracy, które będą skutkować powstaniem pracy w godzinach nadliczbowych. Dostrzega to również ustawodawca stanowiąc w art. 151 § 1 Kodeksu pracy, że praca wykonywana ponad obowiązujące pracownika normy czasu pracy, a także praca wykonywana ponad przedłużony dobowy wymiar czasu pracy, wynikający z obowiązującego pracownika systemu i rozkładu czasu pracy, stanowi pracę w godzinach nadliczbowych.

Wskazanych przepis te przez długi czas budził kontrowersje wśród praktyków. W tym kontekście warto przypomnieć wyrok Sądu Najwyższego z dnia 10 marca 2005 r. (sygn. akt II PK 241/2004, publik. OSNP 2005 nr 24 poz. 393), zgodnie z którym „w systemie równoważnego czasu pracy, pracą w godzinach nadliczbowych jest praca ponad normę dobową wynikającą z harmonogramu pracy, a także praca w czasie przekraczającym przeciętną normę tygodniową”.

A więc dla określenia chwili, w której wystąpi praca w godzinach nadliczbowych w ujęciu dobowym przy przedłużonym dobowym wymiarze czasu pracy, istotne jest odwołanie się do harmonogramu czasu pracy indywidualnego pracownika. Zatem godziny nadliczbowe dla pracownika, który w danym dniu miał przepracować 10 godzin, zaczną się od 11 godziny pracy, a dla pracownika, który miał w danej dobie pracować godzin 11, godziny nadliczbowe w ujęciu dobowym zaczną się od 12 godziny pracy.

W praktyce wielu pracodawców postępuje nieprawidłowo i kwalifikuje jako pracę w godzinach nadliczbowych dopiero pracę wykonywaną przez pracownika w wymiarze wyższym niż godzin 12 w ujęciu doby.